
Cerita bermula dari mimpi SpongeBob akan dirinya yang menjadi orang penting (manager) di Krusty Krab 2. Dengan penuh semangat SpongeBob pun pergi ke acara Grand Opening Krusty Krab 2. Sampai di sana, SpongeBob harus menemui kenyataan bahwa ternyata orang yang dipercaya Mr. Krab untuk menjadi manager ternyata adalah Squidward, rekan kerja SpongeBob. SpongeBob pun merasa kecewa dan pergi ke Goofy Goober's Ice Cream Party Boat. Dia pun mabuk karena terlalu banyak memakan es krim.
Di sisi lain, Plankton menjalankan rencana jahat Z-nya (setelah rencana A-Y gagal) untuk mendapatkan resep rahasia Kraby Patty. Rencana Z-nya adalah mencuri mahkota Neptunus dan menuduh Mr. Krab sebagai pelakunya.
Rencana itu sukses dan Mr. Krab pun dibekukan oleh Neptunus. SpongeBob akhirnya berjanji bahwa dia dan Patrick, sahabatnya, akan menemukan mahkota Neptunus yang berada di Shell City. Neptunus memberinya waktu 6 hari sebelum Mr. Krab akan dieksekusi.
Banyak hal yang ditemukan SpongeBob dalam perjalanannya menemukan kembali mahkota Neptunus, mulai dari kehilangan mobil Patty-nya, melewati jurang yang dipenuhi makhluk aneh, sampai ditangkap oleh penyelam dan akhirnya ditolong oleh David Hasselhoff dalam perjalanan pulangnya.
Film ini menyuguhkan humor-humor dan sedikit keharuan dalam cerita perjuangan SpongeBob. Paling tidak, film ini bisa membuat kita tersenyum. Stephen Hillenburg sang penulis pun menyisipkan pesan moral di sini, bahwa kita bukanlah apa yang orang lain katakan, tetapi kita adalah apa yang kita pikirkan.